Родился 13 апреля 1955 года в селе Усьва, Губахинского района, Пермской обл. После окончания средней школы служил в Ракетных войсках Советской Армии. В 1976 году поступил Московскую Духовную семинарию. В 1977 году женился на дочери Самарского протоиерея Иоанна Державина ─ Иоанне, в этом же году был рукоположен в сан диакона.
С 1977 по 1979 год служил диаконом Казанской церкви города Тольятти, где создал подпольный религиозный кружок для молодежи. Многие ребята из этого кружка в последствии стали священниками, а девушки женами священников или монахинями. Эта деятельность не осталась не замеченной безбожными властями и за семьей диакона установилась слежка.
В 1979 году диакон Николай Агафонов переехал в Пензенскую епархию, где архиепископом Пензенским и Саранским Серафимом (Тихоновым) рукоположен в сан пресвитера и направлен настоятелем Михайловской Церкви в селе Вадинск. Здесь отец Николай организовал тайную Воскресную школу для детей прихожан.
В 1982 году его переводят настоятелем в Казанскую Церковь города Кузнецка, где он служил до 1984 года.
В 1984 году отец Николай переезжает в Волгоград, где его назначают настоятелем в Никитскую Церковь, а затем в 1985 году переводят на должность священника Казанского кафедрального собора.
В 1988 году он поступает в Ленинградскую Духовную Академию, где продолжает обучение до 1992 года, после чего назначается ректором Саратовской Духовной Семинарии. В 1993 году за труды по возрождению семинарии Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II награждает отца Николая правом ношения наперсного креста с украшениями.
В 1997 году отец Николай возвращается в Волгоград, где его назначают настоятелем церкви святой великомученицы Параскевы и заведующим Миссионерским отделом епархии.
В 1998 году он строит первую плавучую Церковь «Святитель Иннокентий», а в 2000 году плавучий храм «Святитель Николай»
В 2002 году в литературных журналах Волгограда и Самары публикуются первые рассказы отца Николая. В этом же году он переезжает в Самару, где становится преподавателем богословия в Самарской Духовной семинарии и первым настоятелем храма святого великомученика Георгия на площади Славы.
В 2004 году в Петербургском издательстве «Библиополис» выходит книга рассказов «Неприкаянное юродство простых историй». В течении года эта книга переиздавалась три раза. В этом же году отец Николай был принят в члены Союза Писателей России. В 2005 году стал лауреатом Всероссийской литературно-театральной премии Виктора Розова за книгу рассказов «Мы очень друг другу нужны». В 2007 – лауреат литературной премии Святого благоверного князя Александра Невского.
В 2009 году закончил высшие курсы сценаристов в Москве. В этом же году вышел художественный фильм «Щенок» по сценарию отца Николая.
В настоящее время протоиерей Николай Агафонов является клириком Петро-Павловской церкви города Самары.
Из библиографии
Неприкаянное юродство простых историй - СПб.: Библиополис, 2004. - 351 с.
Преодоление земного притяжения - Самара: Офорт, 2004. - 420 с.
Мы очень друг другу нужны - СПб.: Библиополис, 2005. - 253 с.
Иоанн Дамаскин - М.: Издательство Сретенского монастыря, 2007. - 400 с.
Жены-Мироносицы - М.: Издательство Сретенского монастыря, 2007. - 240 с.
Отшельник поневоле - М.: Издательство Сретенского монастыря, 2009. - 656 с.
Свет золотой луны - М.: Никея, 2010. - 384 с.
Доброта Духовная - М.: Сибирская Благозвонница, 2010. - 112 с.
Адамант земли русской - М.: Благовест, 2012. - 288 с.
Ратные подвиги православного духовенства - М.: Благовест, 2013. - 352 с.
